Berawal dari keresahan akan akutnya persoalan madrasah, terutama menyangkut pengkaderan ulama, pada tahun 1987 Menteri Agama Munawir Sjadzali memprakarsai proyek penyelenggaraan Madrasah Aliyah Program Khusus (MAPK) dengan kurikulum yang padat agama dan bahasa Arab dan Inggris serta pembelajaran yang intensif dengan sistem asrama seperti pesantren. Berdirilah lima MAPK di lima kota, yaitu Padang Panjang, Ciamis, Yogyakarta, Jember, dan Ujung Pandang, berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 73 Tahun 1987. Selanjutnya pada tahun 1993 berubah nama menjadi Madrasah Aliyah Program Keagamaan. Dan selanjutnya melalui Keputusan Dirjen Pendidikan Islam Nomor 4923 Tahun 2016, dilaksanakan program Revitalisasi Program keagamaan.

Dan berdasarkan hal tersebut, maka Madrasah Aliyah Program Keagamaan (MAPK) tetap berjalan secara baik, Dimana salah satu madrasah dari 10 madrasah di Indonesia yang ditunjuk untuk melaksanakan program MAPK adalah MAN 3 Kota Makassar.

Pesantren Negeri ini sudah melahirkan banyak pribadi dan nama-nama besar, seperti Bapak M. Asrorun Niam Saleh (Ketua KPAI dan anggota Komisi Fatwa MUI), Habiburrahman El Shirazy (Sastrawan), Burhanuddin Muhtadi (pengamat politik), beberapa rector UIN ternama di Indonesia, serta banyak lagi alumni yangmampu berkiprah diberbagai bidang : politik, ekonomi, social budaya, media dan militer.

• Tujuan

MAN 3 Kota Makassar Program Keagamaan bertujuan untuk:

1. Menghasilkan peserta didik yang kompeten dalam bidang keagamaan (Tafaqquh fiddin);
2. Menghasilkan peserta didik yang kompeten dalam bidang kebahasaan asing (minimal Bahasa Arab dan Bahasa Inggris)
3. Menghasilkan peserta didik yang kompeten dalam bidang wawasan dan khazanah keIslaman;

• Output

Output MAN 3 Kota Makassar Program Keagamaan ini adalah menyiapkan kader ulama yang berwawasan keIslaman, keIndonesiaan dan kemoderenan.

• Kurikulum

Dalam mencapai tujuan dan target output MAN 3 Kota Makassar Program Keagamaan, maka dalam pengelolaannya dilaksanakan melalui kurikulum keasramaan yang disusun untuk menunjang tumbuhnya ruh keagamaan peserta didik. Kurikulum tersebut meliputi: pembinaan akidah, syariah, dan akhlakul karimah peserta didik serta keilmuan Islam sebagai bagian tafaqquh fiddin. Kurikulum pembinaan keagamaan (diniy) dan keasramaan (ma’hadiy) meliputi tiga hal, yaitu pembinaan kehidupan keagamaan, pembinaan kehidupan keasramaan, dan pembinaan kebahasaan.

• Program Kegiatan

Adapun program-program pembinaan keagamaan yang secara khusus dikembangkan di MAN 3 Kota Makassar Program Keagamaan adalah sebagai berikut:

1. Tahfidzhul Quran
2. Tahfidzhul Hadis
3. Kajian Kitab Kuning (Qira’atul Kutub)
4. Tadarus dan Tahsin Qiraah al-Quran
5. Pembinaan Imam Shalat
6. Pembinaan Khatib Jum’at
7. Latihan Dai/daiyat
8. Pembinaan Bahasa Asing

• Tenaga Pembina

Tenaga Pengajar dan Pembina berasal dari : Alumni Perguruan Tinggi terbaik dalam dan luar negeri, 1 orang pengajar dari Universitas Al Azhar Cairo Mesir.