Laboratorium Komputer, sebagaimana yang diatur daam Permendiknas No. 24 Tahun 2007 tentang standar sarana dan prasarana sekolah, berfungsi sebagai tempat mengembangkan keterampilan dalam bidang teknologi informasi dan komunikasi.

MAN 3 Kota Makassar mempunyai sekitar 50 unit komputer yang terbagi di dua ruangan di Gedung PK, masing-masing 25 unit per ruangan.